Hace cinco años, unas burbujas que desafiaban la gravedad y que poseían misteriosos poderes llovieron sobre la Tierra. Tras una enorme explosión de origen incierto, Tokio se convirtió en la zona cero, quedando la ciudad encerrada en una gigantesca burbuja. Como consecuencia de este fenómeno, la metrópoli que fue capital de Japón se ahogó en un mar gravitatorio; el gobierno la declaró zona prohibida y sus habitantes la abandonaron.
Los niños que quedaron huérfanos a causa de la Caída de la Burbuja ahora viven ilegalmente en Tokio, participando en peligrosas batallas de parkour por equipos a través de los edificios en ruinas de la ciudad. Hibiki, un as con talento en estos juegos y con la habilidad de saltar entre burbujas, afirma que puede oír sonidos procedentes de la Torre de Tokio. Decidido a descubrir sus misterios, se dirige hacia la fuente, pero cae a las aguas.
Una extraña chica, a la que más tarde apodará Uta, le salva. Pero poco sabe Hibiki de que la aparición de Uta en su vida revelará los secretos que se esconden tras el desastroso suceso que cambió su mundo para siempre.