A medida que avanza la guerra de las máquinas, el Mando YoRHa y la Resistencia se preparan para un asalto final decisivo contra los “Formas de Vida Máquina”, los robots militarizados que vagan por la superficie de la Tierra. Mientras se llevan a cabo los preparativos, YoRHa 9-gou S-gata “9S” y YoRHa 2-gou B-gata “2B” continúan con su misión de reconocimiento avanzado. Sin embargo, 9S y 2B luchan con sus respectivos roles, su lealtad mutua y su lealtad hacia el Mando.
Aunque los nefastos Adam y Eve han sido derrotados, parece que las máquinas no han sido vencidas. Una presencia ominosa en forma de la “Chica Roja” continúa observando a los androides desde lejos, esperando el momento perfecto para atacarlos.