En un frío día de diciembre, Kyon llega a la escuela preparado para otra salida con los miembros de su Brigada SOS. Sin embargo, para su sorpresa, descubre que casi todo ha cambiado por completo: Haruhi Suzumiya e Itsuki Koizumi no están en ninguna parte; Mikuru Asahina no lo reconoce en absoluto; Yuki Nagato es una humana normal; y Ryouko Asakura ha regresado misteriosamente. Aunque no es ajeno a lo sobrenatural, Kyon se siente perturbado por este extraño giro de los acontecimientos y decide investigar por su cuenta.
Al encontrarse como la única persona que está al tanto de la realidad anterior, Kyon se enfrenta ahora a una difícil elección: vivir finalmente la vida normal que siempre ha querido, o descubrir una forma de retroceder en el tiempo y restaurar su caótico pero familiar mundo.
“Suzumiya Haruhi no Shoushitsu” ganó el Premio a la Película Teatral en los Animation Kobe Awards en 2010. La película recaudó aproximadamente 200 millones de yenes en su primera semana de estreno en Japón; también se ubicó entre los diez primeros en ventas de taquilla en su primer fin de semana en Japón.
La película se lanzó en Blu-ray y DVD en Japón el 18 de diciembre de 2010. La película se lanzó en los mismos formatos en América del Norte por Bandai Entertainment como “The Disappearance of Haruhi Suzumiya” el 20 de septiembre de 2011. Posteriormente, fue republicada por Funimation Entertainment el 30 de mayo de 2017.