Tres años después de comenzar la guerra, Mahito Maki pierde a su madre en un trágico incendio en el hospital. Poco después, su padre se casa con la hermana menor de su madre, Natsuko, y lo lleva fuera de Tokio para refugiarse en la casa rural de la familia de su madre. Allí, Mahito es constantemente acosado por una extraña garza gris, quien parece haberse interesado en él.
Incapaz de aceptar su pérdida y luchando por ajustarse a una nueva vida en un lugar desconocido, el chico se sorprende al descubrir que Natsuko está embarazada. Para empeorar las cosas, la molesta garza puede hablar y afirma que la madre de Mahito todavía está viva. Atraerlo a una misteriosa torre cerca de la residencia, la garza dice que Mahito puede salvarla de la muerte, pero el chico no se deja persuadir fácilmente.
Sin embargo, cuando Natsuko desaparece un día, Mahito la ve entrar en la torre y se siente obligado a aventurarse para rescatarla. Pronto se encuentra cayendo en otro mundo debajo del suyo, donde la vida y la muerte parecen estar entrelazadas. Mientras navega por este reino extranjero para encontrar a Natsuko, Mahito debe entender lo que significa vivir si quiere regresar a salvo a casa.