En la quinta temporada de Yu-Gi-Oh! Duel Monsters, la historia continúa con el protagonista, Yugi Muto, y sus amigos enfrentándose a nuevos desafíos y enemigos en el mundo del Duelo de Monstruos.
La temporada comienza con el regreso del antiguo enemigo, Marik Ishtar, quien ha escapado del control de la Sombra del Milenio y busca venganza contra Yugi y sus amigos. Marik planea usar las Cartas del Milenio para obtener aún más poder y gobernar el mundo. Pero antes de que pueda lograr sus planes malvados, debe enfrentarse al poderoso Yugi en una serie de duelos llenos de emoción.
A medida que avanza la temporada, Yugi y sus amigos se enfrentan a una serie de adversarios, cada uno más poderoso que el anterior. Entre ellos se encuentran los Tres Grandes Reyes del Juego, también conocidos como los Dragones del Juego: Seto Kaiba, Joey Wheeler y Maximillion Pegasus.
Con cada duelo, Yugi y sus amigos aprenden más sobre sí mismos y sobre el poder de la amistad y la determinación. También descubren nuevos misterios y secretos sobre el juego de Duelo de Monstruos y las Cartas del Milenio.
A medida que la temporada alcanza su clímax, Yugi se enfrenta a su mayor desafío hasta el momento: un duelo final contra Marik Ishtar. En esta batalla épica, Yugi debe usar todas sus habilidades y estrategias para derrotar a Marik y salvar el mundo de la destrucción.
Pero incluso después de la derrota de Marik, los problemas no han terminado para Yugi y sus amigos. Un nuevo enemigo, Dartz, aparece con la intención de resucitar a los Tres Grandes Dioses Egipcios y usarlos para sumir al mundo en la oscuridad eterna. Ahora, Yugi debe reunir a su equipo y enfrentarse a Dartz y su poderoso ejército de duelistas malvados en un enfrentamiento final que determinará el destino de la humanidad.