Años después de que un antiguo mal fuera rescatado de las profundidades del mar, Joutarou Kuujou se sienta pacíficamente dentro de una celda de una cárcel japonesa. No ha cometido ningún delito, pero exige que no lo liberen, creyendo que ha sido poseído por un espíritu maligno capaz de dañar a quienes lo rodean. Preocupada por su hijo, Holly Kuujou le pide a su padre, Joseph Joestar, que convenza a Joutarou para que abandone la prisión. Joseph le informa a su nieto que el “espíritu maligno” es de hecho algo llamado “Stand”, la manifestación física del espíritu de lucha de uno que puede adoptar una variedad de formas mortales. Después de una feroz pelea con el amigo de Joseph, Mohammed Avdol, Joutarou se ve obligado a salir de su celda y comienza a aprender a controlar el poder de su Stand.
Sin embargo, cuando un Stand despierta dentro de Holly y amenaza con consumirla en 50 días, Joutarou, su abuelo y sus aliados deben buscar y destruir al vampiro inmortal responsable de su condición. Deben viajar al otro lado del mundo hasta El Cairo, Egipto y, en el camino, luchar contra los feroces usuarios de Stand dispuestos a frustrarlos. Si Joutarou y sus aliados fracasan en su misión, la humanidad está destinada a un destino sombrío.
JoJo no Kimyou na Bouken: Stardust Crusaders, además de su segunda temporada, es una adaptación completa de la tercera parte de la serie de manga JoJo no Kimyou na Bouken. La primera temporada cubre los primeros 69 capítulos del manga. Al igual que en la temporada anterior, las animaciones del tema de apertura fueron producidas por el estudio Kamikaze Douga (神風動画).