Suletta Mercury abandona su planeta y entra en la Escuela de Tecnología de Asticassia a instancias de su madre. Allí, el bien y el mal se determinan a través de duelos entre estudiantes, y el duelista de mayor rango recibirá a Miorine Rembran como su prometida; este premio lo decide el padre de Miorine.
Cuando Guel Jeturk, el mejor piloto de la escuela y actual prometido de Miorine, exige que su prometida se mude con él, Suletta lo desaprueba, por lo que Guel la desafía. Aunque emerge como campeona, Suletta es posteriormente detenida bajo sospecha de pilotar un tipo de traje móvil prohibido, un GUND-ARM o “Gundam”, lo que anula su victoria.
Miorine se niega a aceptar más injusticias y propone otro duelo con mucho más en juego. Ahora, Suletta debe triunfar por segunda vez, de lo contrario será expulsada y el Gundam Aerial que tanto significa para ella será destruido.
Una novela corta ambientada antes de los eventos de Kidou Senshi Gundam: Suisei no Majo titulada Yuri Kago no Hoshi fue escrita por Ichirou Ookouchi y publicada en el sitio web oficial japonés del anime. La novela se utilizó en la producción del tema de apertura.
El programa Kidou Senshi Gundam: Suisei no Majo – Asticassia School of Technology Radio Committee presentado por los actores de voz de la serie se transmite en la estación de radio por Internet Onsen desde el 9 de octubre de 2022.