Kanji Sasahara es un estudiante de primer año universitario introvertido que solo busca un lugar para encajar. Un día, se topa con el club conocido como la Sociedad para el Estudio de la Cultura Visual Moderna, también conocida como Genshiken, que sirve para reunir todo el espectro de la cultura otaku. Sin embargo, su primera visita al club no termina bien ya que el orgullo de Sasahara es aplastado por su mayor, Harunobu Madarame, y abandona la reunión negando por completo su naturaleza otaku. Sin embargo, después de hacerse amigo del miembro del club Makoto Kousaka, que resulta ser un otaku incondicional a pesar de su apariencia, Sasahara se involucra más en las actividades del club, que incluyen obsesionarse con su anime favorito, leer doujinshi y asistir a convenciones. Allí, conoce a otras personas interesantes como la vehementemente no otaku novia de Kousaka, Saki Kasukabe, quien se esfuerza por convertir a su novio en un “chico normal”.
Mientras Saki lucha por comprender la cultura otaku y el amor de su novio por ella, Sasahara se encuentra disfrutando de su tiempo en Genshiken, deshaciéndose gradualmente de cualquier negación que alguna vez tuvo sobre ser un otaku y sumergiéndose en un estilo de vida otaku.