Tras el intento fallido de NERV de recuperar las Lanzas de Longinus y llevar a cabo el Proyecto de Instrumentalización Humana, la destrucción causada por el Cuarto Impacto se ha evitado en gran medida. En un estado de desorden, Shinji Ikari, Asuka Langley Shikinami y Rei Ayanami viajan a la Aldea 3, un asentamiento de sobrevivientes libre de la ruina de la Tierra. Allí, Shinji lentamente acepta su pasado, desarrollando una vida completamente diferente a la de sus días como piloto de Evangelion.
Mientras tanto, NERV se prepara para continuar con el Proyecto de Instrumentalidad por medio de un nuevo Impacto. Cuando el principal acorazado aéreo de WILLE llega a la aldea, Shinji decide abordarlo, creyendo que puede ayudar pilotando un Evangelion. A medida que se descubren nuevos secretos y se acerca una batalla entre WILLE y NERV, el futuro de la Tierra pende de un hilo. ¿Podrá Shinji salvar a la humanidad y al resto del mundo por última vez?
Evangelion: 3.0+1.0 Thrice Upon a Time ha ganado un récord de franquicia de 10,22 mil millones de yenes (92,7 millones de dólares) y debutó en el número 1 en la taquilla japonesa. Además, ganó el premio Animación del año en la categoría Película en el Tokyo Anime Award Festival en 2022. La película se estrenó internacionalmente el 13 de agosto de 2021 a través del servicio de transmisión de Amazon Prime Video.
La película se anunció originalmente junto con Evangelion: 3.0 You Can (Not) Redo en 2008 y estaba programada para estrenarse en 2015, pero se retrasó varias veces debido a varios problemas de producción.
La película ha sido doblada a 10 idiomas: chino, inglés, francés, alemán, hindi, italiano, coreano, portugués brasileño, español latinoamericano y español peninsular.