Después de destruir la Tierra hace muchos años, la raza alienígena Gauna ha estado persiguiendo a los restos de la humanidad que, habiendo escapado por poco, huyeron a través de la galaxia en una serie de naves de semillas gigantes. En el año 3394, Nagate Tanikaze emerge de su reclusión de toda la vida en las profundidades de la nave de semillas Sidonia en busca de comida en los niveles superiores, solo para verse arrastrado a eventos que se desarrollan sin su conocimiento.
Cuando los Gauna comienzan su asalto a Sidonia, le toca a Tanikaze, con la ayuda de sus compañeros soldados y amigos Shizuka Hoshijiro, Izana Shinatose y Yuhata Midorikawa, defender la última esperanza de supervivencia de la humanidad y derrotar a sus enemigos alienígenas. Sidonia no Kishi sigue a Tanikaze mientras descubre el mundo que ha estado sobre él toda su vida y se convierte en el héroe que Sidonia necesita.
Sidonia no Kishi fue nominado para el Premio a la Animación del Año en la categoría de Televisión en el Tokyo Anime Award Festival 2015. La canción de apertura del anime, “Sidonia” de Angela, ganó el 19.º premio Animation Kobe Theme Song Award en 2014.