En el año 2020, una nación enfrenta la amenaza generalizada de los “Otros” – misteriosos monstruos que caen del cielo y se alimentan de cerebros humanos. Al mismo tiempo, se descubre en el cuerpo humano la psiónica, una hormona que otorga a ciertas personas habilidades extrasensoriales efectivas contra los Otros. Posteriormente, el fundador de la nación establece la Fuerza de Supresión de los Otros (FSO) para combatir a estos monstruos y salvar a la humanidad. Comúnmente conocidos como los Guardianes Escarlatas, los jóvenes con psiónica se someten a un entrenamiento intensivo para unirse a este grupo.
Un día, la nación prepara una ceremonia de inducción para los reclutas excepcionales que han completado el agotador entrenamiento para convertirse en Guardias Escarlatas. Entre estos jóvenes de élite se encuentra Yuito Sumeragi, el decidido hijo del fundador de la nación; a la edad de cinco años, fue rescatado por una mujer de la FSO. Para pagar esta deuda, él se une a la organización, ansioso por poner su entrenamiento en buen uso. A medida que conoce a sus nuevos camaradas, se enfrenta a un gran problema: la mujer que lo salvó hace años se parece mucho a uno de sus compañeros de equipo. Sin embargo, esto debería ser lo menos de sus preocupaciones, sin saberlo, se está gestando una conspiración con la capacidad de sacudir todo el país.